Od roku 2019 participujeme na projekte Fragalysis, ktorý patrí medzi najvýznamnejšie projekty spomedzi nášho portfólia. V spolupráci s University of Oxford a spoločnosťou Diamond Light Source Ltd. pracujeme na vývoji webovej aplikácie, ktorá na základe skríningov chemických zlúčením pomáha urýchliť vedcom vývoj liečiv.
Fragalysis je webová platforma založená na cloude, ktorá slúži na objavovanie liekov na základe skríningu fragmentov. Tento prístup slúži na objavovanie nových liekov v rannom štádiu. Röntgenová kryštalografia je jednou z prvých biofyzikálnych techník, ktoré môžu byť vďaka presnosti a rýchlosti použité pre zber skríningov chemických zlúčenín.
Prístroj od spoločnosti Diamond umožňuje individuálny skríning až 1000 zlúčenín za menej ako týždeň a komplexný proces zahŕňa namáčanie, zber, automatický zber údajov a ich analýzu. Tieto údaje sú voľne dostupné vo webovej aplikácii Fragalysis, kde sú dostupné fragmentálne knižnice s možnosťou nahrávania vlastných a tak je možné zistiť kompatibilitu jednotlivých chemických zlúčenín. Tento druh údajov sa používa pre počiatočné štádiá objavovania liekov, kde sa spájajú kúsky molekúl, ktoré napokon dokážu vytvoriť molekulu podobnú lieku. Údaje spracovávajú špičkoví výpočtoví vedci, ktorým Fragalysis značne zjednodušuje prácu s fragmentami chemických zlúčenín.
Fragalysis tím
Frank von Delft
Profesor štrukturálnej chemickej biológie na University of Oxford, vedúci oddelenia proteínovej kryštalografie SRF centra pre objavovanie liečiv, zakladateľ Covid Moonshot a v súčasnosti aktívne skúma vývoj antivírusových liečiv.
Rachael Skyner
Dátová kurátorka v spoločnosti Diamond Light Source Ltd., v súčasnosti pracuje na najrôznejších kódoch pre projekt XChem, so zvláštnym zameraním na automatizované kanály na spracovanie údajov a následnú chémiu.
Boris Kovář
Developer vo firme M2M Solutions, s.r.o., v súčasnosti pracuje na vývoji frontendu pre drug discovery tool, ktorý slúži na analýzu protein-ligand interakcií.
Financovanie projektu
Vďaka všetkým sponzorom sa z demo aplikácie Fragalysis podarilo spraviť plnohodnotnú platformu, ktorú môžu voľne využívať vedci z celého sveta a podieľať sa tak na vývoji liekov. V súčasnosti sú údaje voľne dostupné pre každého, kto má skúsenosti a odborné znalosti v oblasti špičkových výpočtových nástrojov a vedy.
Vyhodnotenie výsledkov spracovania na platforme je spoplatnené.
Janssen
Najväčším finančným partnerom je belgická spoločnosť Janssen, ktorá je jedným z najvýznamnejších inovačných centier a je súčasťou farmaceutických spoločností Johnson & Johnson. Spoločnosť spája kombináciu odborných znalostí, zručností a partnerstiev v oblasti vývoja, výskumu, výroby a uvádzania nových liekov na celosvetový trh.
Diamond Light Source Ltd.
Diamond Light Source je nezisková spoločnosť, ktorá je financovaná ako spoločný podnik medzi UK Research & Innovation a Wellcome Trust.
Spoločnosť Diamond poskytuje národnú vedeckú infraštruktúru, ktorá je v mieste použitia bezplatná. Primárnym vybavením je národný synchrotrón spolu s kryo elektrónovou mikroskopiou v areáli Harwell, ktoré sú výskumníkom k dispozícii prostredníctvom procesu konkurenčnej aplikácie za predpokladu, že zverejnené výsledky sú verejne dostupné.
Viac ako 14 000 vedcov z celého sveta a fyzikálnych vied z akademickej i priemyselnej sféry používa Diamond na vykonávanie experimentov, ktorým pomáha približne 700 zamestnancov.
University of Oxford
Najstaršia britská univerzita, ktorá patrí medzi svetovú špičku, čo sa týka vzdelávania, vývoja a výskumu. Napriek náročnosti štúdia túto univerzitu s titulom dokončí až 99% študentov a jej pôsobisko je na medzinárodnej úrovni.